CEL 파일을 vcf , plink format 파일로 만들기

마이크로어레이를 수행하고 나온 데이터는 CEL이란 확장자를 가진 파일로 나온다.

CEL 파일은 Affymetrix DNA 마이크로 어레이 이미지 분석 소프트웨어에 의해 생성 된 데이터 파일이다.

마이크로어레이

이러한 CEL 파일을 분석하기 위해 vcf로 바꾸거나 plink format으로 바꾼다.

 

• CEL 파일을 PLINK format으로 바꾸려면?? (kchip version1.1 일 때)
  • Analysis Power Tools (APT) 사용
    1. apt-geno-qc
    2. apt-genotype-axiom
    3. apt-format-result

위의 3가지 스텝을 주로 사용하여 분석을 한다. 

그 후 vcf 로 만든 파일을 plink command를 사용하여 plink binary file로 변환한다.

plink --vcf <output.vcf> --make-bed --out <plink_binary>

 

cf) Analysis Power Tools 메뉴얼

https://www.affymetrix.com/support/developer/powertools/changelog/index.html