마이크로어레이를 수행하고 나온 데이터는 CEL이란 확장자를 가진 파일로 나온다.
CEL 파일은 Affymetrix DNA 마이크로 어레이 이미지 분석 소프트웨어에 의해 생성 된 데이터 파일이다.
이러한 CEL 파일을 분석하기 위해 vcf로 바꾸거나 plink format으로 바꾼다.
- CEL 파일을 PLINK format으로 바꾸려면?? (kchip version1.1 일 때)
- Analysis Power Tools (APT) 사용
- apt-geno-qc
- apt-genotype-axiom
- apt-format-result
- Analysis Power Tools (APT) 사용
위의 3가지 스텝을 주로 사용하여 분석을 한다.
그 후 vcf 로 만든 파일을 plink command를 사용하여 plink binary file로 변환한다.
plink --vcf <output.vcf> --make-bed --out <plink_binary>
cf) Analysis Power Tools 메뉴얼
https://www.affymetrix.com/support/developer/powertools/changelog/index.html
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