전체 글17 Phasing 하기 Phasing 이란? 쉽게 말하면 나의 diploid 유전형을 아빠의 haploid와 엄마의 haploid로 구분해주는 과정 예) 나의 유전형이 1이라면 0|1 이런식으로 누구에게서 왔는지 알 수 있게 해줌. eagle이라는 툴을 사용하면 쉽게 할 수 있음 plink 파일(bed, bim, fam) 을 사용하여 수행해봄 ./Eagle/Eagle_v2.4.1/eagle --bfile {plink_file_name} --geneticMapFile ./Eagle/Eagle_v2.4.1/genetic_map_hg38_withX.txt --outPrefix {output_name} --numThreads 16 geneticMapFile은 Eagle 메뉴얼 페이지 가서 읽어보고 받아오면 됨. https://alke.. 2023. 12. 4. PANDAS 자주 쓰고 기초적인 코딩 리눅스에서 pandas를 사용할 때, pip install pandas import pandas as pd 데이터 읽기 df = pd.read\_csv("파일이름", sep=" ") 행과 열 바꾸기 td=df.transpose() 원하는 행만큼 보기 td.head(보고싶은 행 수) 열 이름 지정하기 td.columns=['열이름'] NaN값 뽑기 ix.nan 2021. 8. 11. DNA 염기서열 분석 & Sanger sequencing - DNA 염기서열 분석 원리 DNA 복제는 주형 DNA에 상보적인 dNTP가 결합하여 이루어지는데 dNTP 대신에 ddNTP가 결합하면 DNA 복제가 중단되는 원리를 이용. dNTP : 기존에 있는 DNA의 마지막 nucleotide의 3번 탄소에 있는 -OH에 새로운 nucleotide의 인산기에 있는 H가 중합과정을 통해 결합되어 있는 모습 , 디옥시리보오스 2번 탄소에 H가 있고 3번탄소에는 OH가 있다. ddNTP : 디옥시리보오스의 2번과 3번 탄소에 H가 있다. (산소가 없다) : 이 경우 새로운 nucleotide의 인산기에 있는 H가 중합과정을 할 OH기가 없으므로 DNA 복제는 중단된다. - DNA 염기서열 분석에 필요한 요소 1. 단일가닥 DNA (주형) 2. DNA polymeras.. 2021. 4. 7. 서버에 anaconda 설치 & 주피터노트북 설치 www.anaconda.com/products/individual#download-section Anaconda | Individual Edition Anaconda's open-source Individual Edition is the easiest way to perform Python/R data science and machine learning on a single machine. www.anaconda.com 위의 링크로 들어가서 linux 64-bit instraller를 다운받는다. 다운 받을 파일에 마우스 우클릭 후 링크 주소 복사 --> 서버에서 wget 을 이용하여 받으면 됨 bash Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh 위 처럼 입력 하고 엔터를 계속 쳐주다가.. 2021. 2. 22. 이전 1 2 3 4 5 다음
